In der gemeindlichen Abwassersatzung werden die Rahmenbedingungen über den Geltungsbereich, Einleitungsbedingungen, Anschluss und Benutzung, Beiträge und Gebühren geregelt.

Abwasser darf in Gewässer nur eingeleitet werden, wenn es bestimmte Mindestanforderungen erfüllt, die im Wasserhaushaltsgesetz und der Abwasserverordnung festgelegt sind. Grundsätzlich wird die Abwasserentsorgung von den Gemeinden als Pflichtaufgabe im eigenen Wirkungskreis wahrgenommen. Die jeweiligen Gemeinden müssen hierzu Kläranlagen errichten und unterhalten. Die Unterhaltung der Kanalnetze innerhalb der Ortschaften ist ebenfalls Aufgabe der Gemeinde.

Die Gemeinde Erlenmoos hat mit den Gemeinden Schwendi, Burgrieden, Gutenzell-Hürbel, Erolzheim und der Stadt Ochsenhausen den Abwasserzweckverband "Rottal" gegründet. Das Abwasser von diesen Gemeinden bzw. Teilorten wird in der gemeinsamen Verbandskläranlage in Burgrieden aufbereitet. Der gesamte Ort Edenbachen ist seit 1996 über einen Sammler an die Verbandskläranlage in Burgrieden angeschlossen. Der Anschluss des östlichen Teils von Erlenmoos erfolgte im Jahr 2009 nach der Stilllegung der Kläranlage Erlenmoos über eine Druckleitung an die Verbandskläranlage.

Zusammen mit den Gemeinden Steinhausen an der Rottum, Schwendi, Gutenzell-Hürbel und der Stadt Ochsenhausen hat die Gemeinde Erlenmoos den Abwasserzweckverband "Mittleres Rottumtal" gegründet. Das Abwasser von diesen Gemeinden bzw. Teilorten wird in der gemeinsamen Verbandskläranlage in Schönebürg gereinigt und aufbereitet. Die Abwasserentsorgung von einem Teilgebiet von Erlenmoos (Ecoformstraße, Biberacher Straße und Roter Straße), sowie den Teilorten Eichbühl und Oberstetten erfolgt über einen Sammler an die Verbandskläranlage des Abwasserzweckverbandes Mittleres Rottumtal.